Výskyt člověka na místě dnešního Bratrušína dokládá nález sekyrky z mladší doby kamenné.
Bratrušín patřil v roce 1384 společně s Bystřicí k hradu Pyšolci, který držel Heralt z Kunštátu. Zápis ve tvaru Bratrazsyn svádí k domněnce o osídlení bratrova syna, synovce. Na zpustošení Bratrušína se podepsaly třicetileté války. S výjimkou let 1666–1698 a 1850–1869 byl vždy spojen s Bystřicí.
V roce 1750 platili poddaní vrchnosti o sv. Jiří 1 zlatý a 6 krejcarů, totéž o sv. Václavu, předli 73 liber lnu, dávali 16 měřic ovsa, pět sedláků robotovalo týdně tři dny s jedním koněm a tři dny s jedním volem a o žních dvojnásob, dva podsedníci týdně tři dny pěšky a o žních šest dní.
V minulosti se v Bratrušíně pálily cihly i vápno a těžil se tu kvalitní písek. V lese zvaném V Šachtách se těžila železná ruda. V čp. 11 bývala až do roku 1848 rychta, v domech čp. 3 a 10 byly v provozu hostince.
Památky a zajímavosti obce
V Bratrušíně se uživila celá řada řemeslníků, kupříkladu kovář, kolář, truhlář, krejčí, švec či řezník. Hojně se zde také spřádal len.
Zajímavé je sledovat vývoj osídlení. V roce 1643 se uvádí v Bratrušíně šest osídlených domů. V roce 1663 se uvádí osm pustých domů, z nichž sedm bylo později znovu obydleno. V roce 1771 zde žilo 104 lidí a v roce 1790 bylo v patnácti domech napočítáno devadesát lidí. V roce 1832 žilo v šestnácti domech 140 obyvatel. Při sčítání v roce 1900 žilo v obci 132 lidí v 21 domech.
V roce 1930 žilo v obci 138 obyvatel. V roce 1950 měl Bratrušín 113 občanů. Ještě v 70. letech minulého století se počet obyvatel pohyboval nad stovkou, avšak do současnosti soustavně klesá až pod osmdesát. Obydlených domů je zde třicet.
V letech 1850–1869 byl Bratrušín osadou obce Věchnov, od roku 1960 osadou a nyní částí obce Bystřice nad Pernštejnem.
Dominantou je kaplička vystavěná v roce 1909, jejíž interiér prošel rozsáhlou rekonstrukcí v roce 2007. Vedle v parku stojí kříž z bílého mramoru z roku 1873 (opraven 1933). U lesíka při silničce k Lesoňovicím stojí mramorový kříž z roku 1897.
V letech 1974–1976 byl brigádnicky vystavěn kulturní dům, centrum společenského a kulturního života. Dnes se pyšní i pergolou s krbem a udírnou.
Především mládež využívá nedaleké fotbalové hřiště a nový tenisový kurt.
Na hranicích katastru s Bystřicí stávaly tři kříže (1854), které připomínaly zdejší popraviště v Hoře. Dnes se nedaleko nachází lyžařský vlek. Na dvoře pana Pečínky lze spatřit úlomek smírčího kamene (68 x 42 x 11 cm) s vyrytou spodní částí kříže a s hrotem meče nebo šavle. Měl být zhotoven pro připomenutí smrti krejčího.
Ve směru k Věchnovu se rozkládá hadcová step s výskytem azbestu.
Od Bratrušína se naskýtají pěkné výhledy až k Novoměstsku, především z křižovatky cest na Křižnici (630 m n. m.). V okolních lesích si přijdou na své houbaři. Žlutá turistická značka vede turisty z Bystřice přes Bratrušín do Štěpánova, modrá do Nedvědice.
Z Bratrušína pochází rodina lyžařského reprezentanta Martina Koukala a hokejisty Petra Koukala. Oba se stali mistry světa. Martin v roce 2003 v běhu na 50 km, Petr v roce 2010.